高胜率阵容通常依赖特定忍者的技能联动、属性克制或版本强势组合，但这类阵容并非万能，存在明显的局限性。部分阵容在PVE副本中表现优异，但在PVP竞技场可能因对手策略调整而失效；另一些阵容则依赖先手优势或查克拉管理，一旦节奏被打乱，整体强度会大幅下降。游戏版本更新、忍者平衡性调整以及新忍者的加入，都可能让原有高胜率阵容逐渐失去竞争力。玩家需理性看待阵容强度，避免过度依赖单一套路。
高胜率阵容的局限性还体现在资源分配与养成难度上。许多强力阵容需要SSS级忍者或特定饰品套装支撑，而平民玩家获取这些资源的周期较长。以猿飞日斩火影继承人为核心的阵容依赖金刚庇护和五行增幅效果，但这类忍者往往需要通过高级招募或限时活动获取，成型成本较高。部分阵容对忍者星级、天赋配置和站位有严格要求，若培养方向出现偏差，实际战斗效果会大打折扣。这种资源门槛使得高胜率阵容难以在全体玩家中普及。
战斗环境的变化也是高胜率阵容面临的主要挑战。随着玩家对主流阵容的熟悉，针对性的反制策略逐渐成熟，例如通过携带解控忍者或霸体技能打断连招链。游戏机制如结界、闪避、追打抵抗等特性会直接削弱依赖连击或爆发的阵容。某些阵容在特定模式下（如生存挑战或小队突袭）可能表现平庸，因其设计初衷更偏向于竞技场或斗祭等短时间对决。这种环境适应性差异要求玩家根据实际需求灵活调整阵容。
高胜率阵容的局限性还源于游戏设计本身的动态平衡。开发者会通过版本更新调整忍者强度或修复机制漏洞，例如削弱过于强势的奥义技能或增强冷门忍者的被动效果。这种调整可能导致原有阵容的核心战术失效，甚至迫使玩家重新开发新套路。长期依赖固定阵容的玩家需密切关注版本动向，及时优化配置以适应变化。
玩家应注重培养多样化的忍者池，并深入理解技能机制与战斗逻辑，而非盲目追求所谓无敌阵容。这种策略不仅能应对游戏内外的变数，也能提升整体游戏体验的可持续性。
