金庸群侠传至尊服中门派选择是影响游戏体验的核心因素之一，不同门派在武功体系、入门条件和发展路线上存在显著差异。古墓派仅限女性角色加入，要求善恶中立且未婚，其特色武功如黯然销魂掌需通过剑冢杨过或李莫愁等NPC触发特定条件才能学习；明教则允许男女角色加入，对善恶值要求宽松（-299至+299），门派任务涉及光明顶、屠龙刀等经典剧情，进阶武学如七伤拳需完成击杀元军主将等复杂任务链。少林派强调佛门戒律，需保持善良阵营且不可杀生，武当派则注重侠义值积累，违反门规会被收回技能并逐出师门。
桃花岛作为新门派，入门条件与明教类似但增加奇门八卦元素，弟子可通过师兄姐传送快速抵达门派驻地；星宿派则要求玩家保持邪恶阵营并维持谄媚值，武功修炼与毒术深度绑定，高阶武学化功大法需要收集千年蛇胆等稀有材料。各门派传功师父的设定也各有特点，例如古墓派仅掌门担任入门师父，而明教范遥、张无忌等会分阶段传授不同阶位武学。终身门派如华山隐士需满足特定属性后通过飞天行空系统寻找NPC加入，这类选择往往伴随更严苛的修炼条件。
高悟性角色适合武当、桃花岛等依赖招式领悟的门派，而根骨高的角色在少林、星宿等强调耐久战的门派中更具优势。部分门派如古墓派守宫砂机制、星宿派谄媚值系统会持续影响角色成长，需长期维护相关数值。装备选择也需配合门派特性，例如明教圣火戒增加悟性，少林慈悲袈裟则兼顾防御与佛法加成。
中后期发展需重点关注门派专属武器和绝学获取。武当太极拳精要180级后的进阶路线、明教圣火令任务链的触发条件、桃花岛奇遇事件等设计，均要求玩家深入理解门派背景设定。散人玩家虽不受门派约束，但需通过钓鱼、侠客岛参悟等特殊方式获取井中八法、白首太玄经等独特武学，其成长曲线更为自由但资源获取效率较低。
偏好剧情探索的玩家适合明教、武当等任务线丰富的门派，追求战斗强度的玩家可考虑古墓、星宿等特色武学强势的门派，而休闲玩家则更适合桃花岛、恒山派等机制相对简明的选择。游戏内飞天行空系统、新手指南功能可帮助玩家快速定位关键NPC，建议结合官方攻略优化决策路径。
