元气骑士中的融合武器系统允许玩家将特定武器组合成更强大的装备，这些武器无法通过常规锻造获得，只能在地牢中通过特定配方合成。融合武器的合成需要玩家在锻造台提前打造基础武器，进入地牢后切换武器触发融合按钮。火焰剑与冰霜剑可融合为雷剑，而三色光剑（红、蓝、绿）可合成光剑土豪金。融合武器的强度普遍高于普通武器，但需注意初始房间无法进行融合操作。
融合武器的配方种类繁多，涵盖近战、远程、投掷等多种类型。近战类中，战斧与火之杖可合成火焰战斧，木棍与斧子能融合为长柄斧。远程武器如嘤嘤鹰需两把鹰类武器加樱花霰弹枪，而群星之弓则需要火焰弓、冰霜弓与珺之弓三把武器。投掷类武器中，电弧手里剑与雷电战锤可合成宙斯之矛，但后者因输出效率问题被部分玩家认为实用性较低。雪狐系列武器可通过多次融合进阶，如雪狐L叠加为雪狐XXL。
三把武器的融合需借助特殊技巧，例如骑士的二技能全力攻击或利用花园中的植物卡出三持BUG。玩家需提前锻造所需武器，进入地牢后通过替换操作触发融合。部分融合武器如天堂之拳（闪电法杖+骑士之拳）虽需复杂条件，但满配后能发挥极高爆发伤害。需注意，配件会影响融合结果，建议融合前卸下配件以避免资源浪费。
融合武器的强度与适用场景需结合玩家操作习惯选择。雷剑、光剑土豪金等近战武器适合清理小怪，而群星之弓、宙斯之矛等远程武器在对抗BOSS时表现更佳。玩家可通过多次尝试熟悉不同武器的融合机制与实战效果，从而在地牢探险中占据优势。融合系统为游戏增添了深度，但需投入时间掌握配方与技巧。
