运输船是远距离投送陆军部队的核心载具，尤其适合运送重型装备如坦克和火炮。运输船操作需先建造海军基地和港口，将陆军部队移动至港口后选择装载指令，部队会自动进入停泊的运输船内。运输船航行速度较慢但载重量大，适合大规模部队转移，但必须规划安全航线并配备护航舰队，避免遭遇敌方海军拦截。运输船抵达目标海岸后需选择卸货指令，部队将在岸边完成部署，整个过程耗时较长但稳定性较高。
运输船可搭载的部队类型包括步兵、轻型装甲车、轻型炮兵及特种部队。步兵是最基础的运输单位，适合执行占领和防守任务；轻型装甲车能提升登陆后的机动性和火力支援；轻型炮兵可提供远程打击能力；特种部队则擅长执行敌后破坏任务。需要注意的是重型坦克和部分大型装备无法通过运输船运送，这类单位需依赖空运或其他运输方式。部队组合应考虑战场需求，通常以步兵为主力，搭配轻型装甲和炮兵形成均衡配置。
运输船航线规划需综合考虑安全性和效率。优先选择己方控制海域或盟友协防的路线，避开敌方海军活跃区域。利用岛屿和礁石等地形掩护可降低被发现的概率。夜间或恶劣天气条件下航行能有效规避敌方侦察。运输过程中应派遣巡洋舰或驱逐舰组成护航编队，巡洋舰负责清除航线威胁，驱逐舰提供反潜保护。若遭遇敌方攻击，应立即改变航线或请求空中支援，必要时可提前卸载部分部队以减少损失。
选择卸货地点时应优先考虑已控制的友方港口，其次是隐蔽性较好的未开发海岸线。卸货前需用侦察机确认区域安全，并部署防空火力应对可能的空袭。物资卸载顺序应为弹药燃料优先，其次是食物医疗物资，最后是增援部队。卸货过程中运输船处于静止状态，极易成为攻击目标，因此必须确保周边制海权和制空权。完成卸货后运输船应尽快离开高危区域，或返回基地进行下一次运输任务。
远距离作战中运输船需要与其他运输方式配合使用。重型装备由运输船运送，轻型单位可通过空投快速部署，形成立体投送体系。多艘运输船可组成编队提高运输效率，但需注意分散航行以降低全军覆没风险。运输船部队应与主力军团保持战略协同，确保登陆后能迅速与友军会师。长期作战需建立海上补给线，定期向占领区输送援军和物资，运输船在此过程中需要循环使用并持续补充。
