口袋妖怪火红美化版在保留原版核心玩法的基础上，对精灵分布进行了调整优化。急冻鸟位于双子岛最深处，需将岩石推入洞中阻挡水流才能遇见；闪电鸟栖息在无人发电站深层区域；火焰鸟则出现在1号岛灯火山顶部。这三只传说鸟类精灵等级均为50级，建议携带克制属性的精灵进行捕捉。
超梦作为超能力系神兽，位于红莲岛家族洞穴最深处，等级70级且战斗力极强，建议使用恶系精灵对抗。梦幻的获取方式较为特殊，需在红莲岛边界的特殊房屋中使用机密钥匙触发事件。洛奇亚和凤王分别位于彩虹岛的右下方和左上方，等级均为70级，需注意洛奇亚虽为超能力系但会使用水系技能，不宜用岩石系精灵应对。
三圣兽的分布与初始选择相关：选择妙蛙种子通关后可在草丛随机遇到炎帝，选择小火龙则遇到水君。雷公的出现条件较为特殊，需完成特定剧情。雪拉比隐藏在3号岛左侧的森林中，而代欧奇希斯需要完成拼图游戏后才会在9号岛出现。这些稀有精灵的捕捉需要耐心和充分的准备。
特殊精灵如岩神柱、冰神柱和钢神柱分别位于1号岛草丛、双子岛和发电站附近。红水督栖息在7号岛最南端海域，需要使用冲浪技能到达。部分精灵的分布与原版有所不同，如伊布可在彩虹市大楼顶层获取，而皮卡丘仍可在常磐森林捕获但出现概率有所调整。
精灵中心的训练师和特定NPC会提供重要线索，如正辉赠送的船票是前往彩虹岛的必要道具。游戏中的技能教学点也有所调整，如月见山出口处的格斗家可教授百万吨拳击或飞腿。建议在捕捉高等级精灵前备足高级球和状态异常道具，合理利用喷雾剂可提高效率。
该美化版在精灵分布上既保留了原版的经典设定，又通过合理调整增加了探索乐趣。不同区域的草丛、水域和洞穴都隐藏着独特的精灵组合，需要玩家结合属性克制和战术策略逐步完成收集。游戏内的提示系统和地图标记功能有助于定位目标精灵，但仍需通过实际探索验证具体分布位置。
