异族入侵是贯穿多个版本的核心玩法之一，主要涉及羌、乌丸、南蛮、山越四大势力。这些异族分别盘踞在中原的西北、东北、西南及东南边境，通过周期性袭扰玩家城池来触发战斗事件。其中羌族以骑兵突击见长，乌丸擅长游击战术，南蛮依赖毒雾与象兵，山越则利用地形优势进行伏击。玩家需要根据异族特性调整防御策略，例如针对羌族的高机动性需加强城墙防御，而对抗南蛮时则需配备解毒类武将或技能。
游戏中的异族侵犯并非单纯战斗事件，而是与城池发展深度绑定的动态系统。当异族军队成功突破防线后，会直接破坏城池内的农田、商市等设施，导致资源产出效率下降。部分高阶异族单位甚至具备掠夺特性，在战斗中会窃取玩家已储存的银两或粮草。异族入侵的强度会随着玩家主城等级提升而递增，但击败他们后获得的琉金装备碎片、名将将魂等奖励也会相应提升品质。这种风险与收益并存的机制，促使玩家需要持续优化守城阵容。
从战术层面来看，应对异族侵犯需注重军师技能的搭配。例如面对乌丸族的多段冲锋，携带具有铁壁效果的军师可大幅降低战损；而对抗山越的伏兵时，洞察类技能则能提前破解隐身状态。游戏内还设有异族情报功能，通过消耗侦察令可以提前获知下一波入侵的兵种构成，这为针对性布阵提供了战略窗口。部分稀有武将如鹰扬袁绍先登黄忠等，其专属技能对特定异族有额外伤害加成，这类特化型武将在后期关卡中尤为重要。
长期对抗异族的过程中，玩家可解锁烽火台弩车工坊等专属防御建筑。这些设施不仅能提供全局属性加成，还能在战斗中触发特殊效果，例如烽火台可周期性灼烧范围内的异族部队。游戏后期开放的异族征讨玩法，允许玩家主动进攻异族主城，需要组建以霸王孙策虎痴许褚等突击型武将为核心的远征军。这种攻守转换的玩法设计，有效拓展了战略维度，使异族系统不再是单纯的防守负担。
从叙事角度观察，异族侵犯事件实则暗含历史逻辑。游戏参考了三国时期边疆战事的特征，如羌族之乱对应历史上西北羌患，乌丸入侵映射公孙瓒镇守北疆的史实。这些设计既丰富了游戏背景的厚重感，也为武将设定提供了合理依据。例如罡风撼地犴独角裂天兕等琉金坐骑的获取途径就与异族征讨紧密相关，这种将历史元素与游戏机制有机融合的手法，显著提升了玩法的人文深度。
少年三国志中的异族系统通过地理分布、战术克制、建筑联动等多重机制，构建出层次分明的战略体系。玩家既要在微观层面钻研武将搭配与技能组合，又需在宏观上规划资源分配与科技发展路线。这种兼顾即时策略与长期养成的设计思路，使得对抗异族的过程始终保持着新鲜感与挑战性，成为游戏长线运营的重要支撑点之一。
