神兽的捕捉需要遵循特定触发条件和流程。水君、炎帝、雷皇这三只神兽的抓捕方式较为特殊，需先解开封引才能开始追踪。水君会按固定顺序出现在五个地点，前四次遭遇会逃跑，第五次在25号道路高台处可正式对战，前提是击败华蓝市水系道馆。炎帝和雷皇则会在城都地区草丛随机移动，需通过手表地图功能追踪其位置，它们同样会在遭遇时逃跑，需反复尝试才能进入战斗。
凤王和洛奇亚的捕捉需要分别获得金色羽毛和银色羽毛。金色羽毛在满金市击败火箭队后获得，随后前往圆朱市凤王之塔；银色羽毛则需前往41号海域右上角漩涡洞窟。这两只神兽等级均为45级，属于固定位置神兽，不会逃跑但战斗难度较高。超梦的捕捉地点在华蓝之洞，需完成关东地区通关并击败小智后才能触发，等级高达70级且技能组合强大，建议做好充分准备。
三圣鸟的捕捉分布在关东地区不同地点。火焰鸟位于白银山深处，需要掌握攀岩技能才能到达；闪电鸟在无人发电厂；急冻鸟则栖息在双子岛内部。这三只神兽等级均为50级，属于版本独占内容，需注意属性克制关系。海皇牙和古拉顿的获取需要完成关东地区一周目，在真新镇大木博士处领取关东初始PM后，与30号道路的老爷爷对话获得对应宝玉，分别前往特定洞穴触发战斗。
移动型神兽如拉迪欧斯和拉迪亚斯的捕捉需要特殊技巧。在金黄市触发玩偶任务后，方缘冠军大吾会提示水都出现位置，并解锁地图追踪功能。这类神兽会在地图上随机移动，建议使用踩影特性或黑眼神技能阻止其逃跑。耿鬼配合催眠术和黑色眼光是较稳妥的战术选择，可大幅提高捕捉成功率。裂空座的捕捉条件最为复杂，需要同时拥有海皇牙和古拉顿并传送到同一台设备，才能从大木博士处获得绿色宝玉。
建议携带足够的高级球和快速球，状态异常技能如催眠术或麻痹可显著提高捕捉几率。队伍中应配置具备高耐久度的精灵承受神兽攻击，同时确保速度优势以便先手施加状态。对战游走型神兽时，命中强化剂和速度强化剂能有效提升战术稳定性。部分神兽如迪亚鲁卡、帕露琪亚和冥王龙需要通过特殊剧情解锁，需完成特定前置条件才能触发。
捕捉后的培养方向需考虑神兽的种族值分布。攻击型神兽如超梦适合搭配高威力本系技能，防御型神兽如洛奇亚可配置恢复类招式。部分神兽具有专属技能或特性，需要根据战斗风格调整配招方案。同一台设备无法同时获得所有版本限定神兽，部分精灵需要通过通信交换才能集齐。神兽的个体值和性格对实战表现影响显著，可通过反复捕捉获取理想属性。
