明日之后中的副本分布在不同地图中，玩家需根据副本类型前往对应区域。秘密起点副本位于地下车站，普通模式达到SS且采集等级88级的幸存者可解锁精英模式。该副本需要破坏三个信号安全锁并启动卫星扫描母体位置，通关后可获得精密透镜等奖励。
控制大楼副本需通关海岛暗礁且采集等级达到91级解锁，位于海岛地图。副本分为多个楼层，玩家需依次破坏卫星锁、收集数据并击败特殊感染体。最终在5楼总控室与商队队员会合，击败BOSS洛夫瑞塔。副本中装备耐久消耗减免90%，适合组队挑战。
危海寻晶是跨服匹配的四人副本，根据采集等级选择难度。副本位于方舟市，需开启信号塔并击败属性克制的怪物。海域阶段需注意落水昏迷机制，最终BOSS战需根据燃烧、冰冻、电磁属性切换武器。该副本每日可获取异变核芯宝箱等奖励。
山脚据点副本为雪山环境，需使用定时炸弹炸开洞穴入口。洞穴内需清理蜘蛛群并破坏大型蜘蛛网，最终击败强人感染体获取钥匙。推荐携带喷火器或狙击枪应对地形限制，弹药补给箱可提供支援。
万国酒店副本位于莱文市，需破译监控权限寻找变异体。顶层会出现喂食不明液体的神秘人，后厨区域存在特殊机制。该副本侧重解谜与突发战斗，需灵活应对场景交互。
副本入口通常通过营地、活动界面或特定NPC传送。部分副本需完成前置任务解锁，组队可通过队伍功能匹配。地图右上角的小门标志为通用退出点，通关后自动传出或通过飞机返回。
